Tại Đại hội đồng chí Đặng Quang Huấn – Chủ tịch Công đoàn khoá XVI báo cáo tổng kết phong trào hoạt động Công đoàn nhiệm kỳ XVI (2005 - 2010). Nhiệm kỳ vừa qua, Công đoàn đã hoạt động tích cực trong các phòng trào: tuyên truyền giáo dục; phát động phong trào thi đua yêu nước; xây dựng chính sách, tổ chức thực hiện và kiểm tra giám sát việc thực hiện pháp luật, chế độ chính sách, chăm lo bảo vệ quyền lợi hợp pháp, chính đáng của cán bộ, công chức, viên chức và người lao động; chương trình phát triển 1 triệu đoàn viên, thành lập công đoàn cơ sở mới, xây dựng tổ chức công đoàn vững mạnh,… Năm 2008, Công đoàn đã vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Lao động Hạng Ba.
Tại Đại hội, nhiều cán bộ, đoàn viên trình bày tham luận góp ý thẳng thắn vào các vấn đề đã đạt được cũng như những hạn chế, tồn tại trong quá trình hoạt động của Công đoàn nhiệm kỳ vừa qua, đồng thời nêu lên những đề xuất, kiến nghị chính đáng của người lao động trong quá trình làm việc để tổ chức Công đoàn triển khai hoạt động có hiệu quả hơn trong nhiệm kỳ tới.
Phát biểu tại Đại hội, Bộ trưởng Hoàng Văn Phong biểu dương nỗ lực trong hoạt động của tổ chức Công đoàn nhiệm kỳ vừa qua, đồng thời nhất trí với những nội dung công tác của tổ chức Công đoàn trong nhiệm kỳ XVII. Bộ trưởng Hoàng Văn Phong nhấn mạnh: Công đoàn cần quán triệt thực hiện nhiệm vụ chính trị của Bộ, ngành, đơn vị, vận động người lao động, CNVC thực hiện thắng lợi mục tiêu của ngành khoa học, đóng góp vào sự phát triển kinh tế - xã hội của đất nước. Bộ trưởng cũng khẳng định Lãnh đạo Bộ sẵn sàng phối hợp với tổ chức Công đoàn chăm lo và bảo vệ quyền lợi chính đáng của người lao động, xây dựng Công đoàn Bộ ngày càng phát triển.
Đại hội đã xác định mục tiêu, phương hướng hoạt động Công đoàn trong nhiệm kỳ tới là: tăng cường công tác tuyên truyền, giáo dục xây dựng đội ngũ cán bộ vững mạnh; tiếp tục đổi mới nội dung, phương thức hoạt động của các cấp công đoàn, phát huy quy chế dân chủ; chăm lo bảo vệ lợi ích hợp pháp và chính đáng của cán bộ, công chức, viên chức và người lao động. Mục tiêu phấn đấu trong nhiệm kỳ này 100% đoàn viên hoàn thành nhiệm vụ, từ 60 – 80% Công đoàn vững mạnh; 100% cán bộ, công chức, viên chức và người lao động được kết nạp vào tổ chức Công đoàn, 80% các đồng chí cán bộ tham gia tập huấn nghiệp vụ công tác đoàn…
Đại hội đã bầu ra 21đồng chí vào Ban chấp hành và 7 đồng chí vào Ban thường vụ khoá XVII (nhiệm kỳ 2010 - 2015).
Tính đến 31/12/2009, số CBCNV, đoàn viên công đoàn là 5738 người, trong đó số lượng đoàn viên công đoàn nữ là 3181 người chiếm tỷ lệ 55%; đoàn viên là cán bộ, công chức, viên chức và người lao động làm trong các đơn vị sự nghiệp là 2503 người; làm việc trong khối doanh nghiệp là 3235 người và có 02 cán bộ công đoàn chuyên trách.