Trong giai đoạn 2006- 2010, hệ thống các Chương trình khoa học công nghệ trọng điểm cấp Nhà nước đã được triển khai thực hiện. Trong đó bao gồm: 10 chương trình KHCN, 03 chương trình KHXH đã được Bộ trưởng Bộ KH&CN phê duyệt và 01 chương trình nghiên cứu lý luận chính trị được Hội đồng lý luận Trung ương và Bộ KH&CN xây dựng và phê duyệt.
Đến nay, các Chương trình đã thực hiện được 4/5 thời gian và đang đi vào giai đoạn tổng kết, nghiệm thu.
Trong số các chương trình khoa học công nghệ trọng điểm, những vấn đề KH&CN trong lĩnh vực nông nghiệp và nông thôn vẫn được quan tâm hàng đầu. Số lượng các nhiệm vụ liên quan trực tiếp đến công nghệ tạo giống, bảo quản chế biến nông sản, ngành nghề nông thôn chiếm khoảng 25% trong tổng số các nhiệm vụ, chủ yếu tập trung ở các Chương trình KC.04/06-10; KC.06/06-10 và KC.07/06-10.
Tổng kinh phí phê duyệt và giao dự toán (đã trừ điều chỉnh giảm) từ ngân sách Nhà nước là 895.384 triệu đồng (gần bằng với tổng kinh phí đã cấp cho các Chương trình trong giai đoạn 2001-2005:927.004 triệu đồng). Kinh phí bình quân cho một nhiệm vụ khoảng 2.900 triệu đồng, cao hơn mức bình quân so với giai đoạn trước (2.100 triệu đồng).
Phần lớn số kinh phí này dành chi trả công nghiên cứu cho các nhà khoa học (công thuê khoán chuyên môn chiếm 44%). Đầu tư máy móc thiết bị chỉ chiếm khoảng 19% và nguyên liệu chiếm khoảng 25%. Riêng đối với 2 chương trình KC.08, KC.09, tỷ lệ kinh phí dành cho thuê khoán chuyên môn là trên 65%.
Quá trình triển khai các nhiệm vụ thời gian qua cho thấy, công tác xác định, tuyển chọn nhiệm vụ đã bám sát theo mục tiêu và nội dung của Chương trình đã được Bộ phê duyệt. Công tác thẩm định các nhiệm vụ, đặc biệt là các sản phẩm khoa học của đề tài, dự án đã gắn liền và đáp ứng theo chỉ tiêu đánh giá của Chương trình. Do vậy, đến nay tuy mới có khoảng ½ số đề tài, dự án kết thúc, nghiệm thu nhưng số lượng bằng độc quyền sáng chế, giải pháp hữu ích được cấp và đang được xem xét cao hơn so với giai đoạn trước, số bài báo về kết quả nghiên cứu được công bố và đăng tải trên các tạp chí và hội nghị quốc tế và trong nước đều đã vượt số lượng so với đăng ký ban đầu.
Tuy nhiên, cơ cấu các nhiệm vụ theo chỉ tiêu đánh giá của các Chương trình đã được phê duyệt nhìn chung không đảm bảo khi kết thúc ở hầu hết các chương trình KC. Số lượng các dự án SXTN đưa vào thực hiện trong các Chương trình đạt tỉ lệ khiêm tốn (60/309, thấp hơn so với giai đoạn 2001-2005:107/411).
Các ý kiến tham dự cũng đề cập đến vấn đề tổ chức lựa chọn các nhiệm vụ trong các Chương trình còn có những bất cập. Đa số các đề tài, dự án mới chỉ tập trung vào giải quyết từng vấn đề cụ thể của sản xuất, chưa có nhiều nhiệm vụ hướng vào những vấn đề có ý nghĩa lớn về mặt khoa học và phạm vi ứng dụng rộng rãi. Các nhiệm vụ nghiên cứu mới thuần túy dưới góc độ về lĩnh vực khoa học hẹp (chuyên môn) của các thành viên Ban chủ nhiệm Chương trình mà chưa có định hướng chiến lược của các cơ quan quản lý...
Nhiều đề tài, dự án phải kéo dài thời gian thực hiện, điều chỉnh nội dung, sản phẩm... Tiến độ thực hiện cũng như chất lượng khoa học của các đề tài dự án chưa được cơ quan chủ trì quan tâm một cách đúng mức. Việc cấp kinh phí và hỗ trợ thanh quyết toán cho đề tài dự án của một số cơ quan chủ trì chưa được tiến hành một cách tích cực.
Bên cạnh đó, các kiến nghị về năm tài chính, hoạt động của Quỹ khoa học, chất lượng và cơ chế nâng cao trách nhiệm của Hội đồng cũng đã được các Ban chủ nhiệm đề tài trình bày.
Phát biểu kết luận Hội nghị, Thứ trưởng Bộ KH&CN Nguyễn Quân và Thứ trưởng Bộ KH&CN Lê Đình Tiến khẳng định lại quyết tâm thực hiện việc triển khai nhiệm vụ 2006-2010 của hệ thống các Chương trình trọng điểm cấp Nhà nước. Việc đổi mới cơ chế sẽ được tính toán và hoàn thiện, trên cơ sở đổi mới tư duy, đáp ứng yêu cầu phát triển trong giai đoạn mới.
Dự kiến tới cuối tháng 10/2010, Hội nghị sơ kết các Chương trình trọng điểm sẽ đưa ra phương hướng mục tiêu 5 năm tiếp theo.