Năm 2013, Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên được giao là đơn vị đầu mối và đã hoàn thành Đề án thuộc chương trình công tác của Bộ và Chính phủ: Chương trình hành động của Chính phủ thực hiện Nghị quyết 20/NQ-TW về phát triển KH&CN phục vụ sự nghiệp CNH, HĐH trong điều kiện kinh tế thị trường định hướng XHCN và hội nhập quốc tế (Thủ tướng Chính phủ đã ký ban hành Chương trình này tại Nghị quyết 46/NQ-CP ngày 29/3/2013); thực hiện các đề án triển khai Nghị quyết số 27-NQ-TW ngày 06/8/2008 Hội nghị lần thứ bảy Ban chấp hành Trung ương khóa X “về xây dựng đội ngũ trí thức trong thời kỳ đẩy mạnh công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước”.
Cũng trong năm 2013, Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên đã tham mưu cho Lãnh đạo Bộ, góp phần xây dựng các định hướng, nhiệm vụ KH&CN trên các lĩnh vực như khoa học xã hội và nhân văn, nghiên cứu cơ bản, tài nguyên môi trường, thiên tai và phát triển bền vững, biến đổi khí hậu, KH&CN biển. Trong một số lĩnh vực quản lý có tính chất phức tạp và nhạy cảm (nghiên cứu lý luận chính trị, nghiên cứu về chủ quyền biển đảo, giải quyết kiến nghị của công dân trong đề xuất các ý tưởng khoa học…) cũng đã Vụ chuẩn bị kỹ lưỡng, cẩn trọng, không để xảy ra sai sót khi tham mưu cho Lãnh đạo Bộ.
Ngoài ra, Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên cũng phối hợp tốt với các đơn vị liên quan trong việc triển khai các hoạt động theo lĩnh vực chuyên môn quản lý, hoạt động KH&CN của các Bộ, ngành và địa phương. Công tác xây dựng, kiện toàn đội ngũ cán bộ cũng có nhiều đổi mới.
Trong năm 2014, Vụ Khoa học Xã hội và Tự nhiên tiếp tục triển khai một số Đề án thuộc Chương trình công tác của Bộ và Chính phủ trong việc triển khai thực hiện Nghị quyết số 20/NQ-TW về KHCN và Nghị quyết 27/NQ-TW về phát triển đội ngũ trí thức; hoàn thiện và xây dựng mới các văn bản quản lý, đồng thời cũng chú trọng vào công tác quản lý hoạt động KH&CN của các Bộ, ngành được phân công quản lý.
Phát biểu chỉ đạo Hội nghị, Thứ trưởng Lê Đình Tiến đã đánh giá cao những kết quả mà Vụ đã đạt được trong năm 2013 và lưu ý việc triển khai các nhiệm vụ trọng tâm của năm 2014.