Theo đó, Quỹ do doanh nghiệp thành lập để tạo nguồn tài chính đầu tư cho hoạt động KH&CN của doanh nghiệp tại Việt Nam thông qua hoạt động nghiên cứu, ứng dụng và phát triển, đổi mới công nghệ, đổi mới sản phẩm, hợp lý hoá sản xuất nhằm nâng cao sức cạnh tranh của doanh nghiệp.
Các nguồn hình thành Quỹ gồm: một phần từ thu nhập tính thuế thu nhập (TTN) doanh nghiệp trong kỳ tính thuế (doanh nghiệp tự quyết định mức trích cụ thể nhưng tối đa không quá 10% thu nhập tính thuế trong kỳ); một phần điều chuyển từ Quỹ phát triển KH&CN của tổng công ty, công ty mẹ (đối với các công ty con hoặc doanh nghiệp thành viên) hoặc điều chuyển từ Quỹ phát triển KH&CN của các công ty con, doanh nghiệp thành viên về Quỹ phát triển KH&CN của tổng công ty, công ty mẹ (đối với tổng công ty, công ty mẹ). Việc điều chuyển Quỹ theo quy định chỉ áp dụng đối với các công ty con hoặc doanh nghiệp thành viên mà công ty mẹ sở hữu 100% vốn.
Quỹ chỉ được sử dụng cho hoạt động đầu tư KH&CN của doanh nghiệp tại Việt Nam. Doanh nghiệp không được sử dụng nguồn vốn của Quỹ để đầu tư cho các hoạt động khác không gắn với việc phát triển KH&CN của doanh nghiệp tại Việt Nam hoặc đầu tư cho các dự án KH&CN đã được tài trợ bởi các nguồn vốn khác.
Trong thời hạn 5 năm, kể từ năm kế tiếp năm trích lập, nếu Quỹ không được sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích thì doanh nghiệp phải nộp ngân sách nhà nước phần thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên khoản thu nhập đã trích lập Quỹ mà không sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích và phần lãi phát sinh từ số thuế thu nhập doanh nghiệp đó. Số tiền sử dụng không đúng mục đích không được tính vào tổng số tiền sử dụng cho mục đích phát triển khoa học và công nghệ của doanh nghiệp.
Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký (09/02/2011)