- Xây dựng mô hình phân loại và dự đoán các chất ức chế bơm ngược P-glycoprotein và áp dụng trong việc kiếm các cấu trúc flavonoid có khả năng ức chế bơm ngược.
- Tổng hợp các cấu trúc flavonoid được thiết kế và tiến hành thử nghiệm khả năng đồng vận kháng sinh và khả năng ức chế bơm ngược in silico.
Bên cạnh các mục tiêu được đặt ra, nội dung cũng như phạm vi nghiên cứu của đề tài được nhóm chuyên gia nghiên cứu và xây dựng rất chi tiết, trong đó bao gồm:
I. Xây dựng mô hình phân loại và dự đoán dựa trên ligand các chất ức chế bơm ngược P-glycoprotein.
1) Mô hình phân loại các chất ức chế bơm ngược P-glycoprotein bằng CPG-NN
2) Mô hình 2D QSAR NorA
II. Xây dựng cấu trúc bơm ngược P-glycoprotein dựa vào kỹ thuật mô tả tính tương đồng:
1) Cấu trúc P-glycoprotein dựa vào kỹ thuật mô tả tính tương đồng.
2) Cấu trúc NorA dựa vào kỹ thuật mô tả tính tương đồng.
III. Thiết kế các cấu trúc flavonoid: Tổng cộng có 100 cấu trúc. Cấu trúc với dự đoán hoạt tính tốt sẽ được lựa chọn tổng hợp và thử nghiệm.
IV. Nghiên cứu khả năng gắn kết giữa các cấu trúc flavonoid và cấu trúc bơm ngược P-glycoprotein và bơm ngược khác ở mức độ phân tử thông qua mô hình mô tả phân tử docking.
1) Mô hình mô tả phân tử docking giữa các cấu trúc chalcon và bơm ABCB1
2) Mô hình mô tả phân tử giữa các nhóm cấu trúc và vị trí khoang trung tâm của NorA;
3) Mô hình mô tả phân tử giữa các nhóm cấu trúc và vị trí Walker B của NorA.
V. Ứng dụng mô hình phân loại và dự đoán hoạt tính ức chế bơm P-glycoprotein xây dựng được trên các chất dẫn flavonoid được thiết kế: Mô hình 2D-QSAR I được sử dụng để dự đoán hoạt tính ức chế bơm NorA của 182 dẫn chất flavonoid.
VI. Phân tích kết quả sàng lọc ảo để định hướng lựa chọn các cấu trúc flavonoid có hoạt tính ức chế bơm ngược trên in silico để tiến hành thực nghiệm.
Kết quả sơ bộ khi docking đồng thời 3 nhóm dẫn chất flavonoid là các dẫn chất chalcon, auron, và isoflavon cho thấy nhóm chalcon có điểm số docking thấp nhất, chứng tỏ khả năng liên kết với bơm ABCB1 mạnh nhất. Nhóm auron có điểm số docking thấp thứ hai cho thấy khả năng liên kết với bơm ABCB1 của auron cao hơn isoflavon, tuy nhiên, sự chênh lệch này không đáng kể.
VII. Tiến hành tổng hợp các chất dẫn flavonoid
Tổng hợp dẫn chất chalcon được tiến hành theo sơ đồ phản ứng và độ tinh khiết được kiểm tra bằng sắc ký lớp mỏng.
VIII. Kiểm chứng bằng thực nghiệm các dẫn xuất flavonoid được tổng hợp có khả năng ức chế bơm ngược P-glycoprotein thông qua xác định mức độ làm giảm giá trị nồng độ ức chế tối thiểu MIC của một số kháng sinh hiện có (hoặc kháng sinh đã bị đề kháng) khi phối hợp chung các chất dẫn flavonoid với kháng sinh trên các chủng vi khuẩn khác nhau:
Kết quả định tính sơ bộ khả năng kháng khuẩn của các dẫn xuất flavonoid sử dụng phương pháp khuyếch tán trên đĩa thạch (disc diffusion test). Kết quả cho thấy 4 chất có khả năng ức chế vi khuẩn thử nghiệm ở mức độ trung bình và 6 chất không ức chế ở nồng độ 256 µg/mL…
Có thể tìm đọc toàn văn Báo cáo kết quả nghiên cứu của Đề tài (Mã số: 11388/2015) tại Cục Thông tin khoa học và công nghệ quốc gia.