Về Pháp lý, Quỹ Phát triển KH&CN được thành lập trên cơ sở Quyết định số 117/2005/QĐ-TTg ngày 27/5/2005 của Thủ tướng Chính Phủ ban hành Điều lệ mẫu tổ chức và hoạt động của Quỹ Phát triển khoa học và công nghệ của Bộ; cơ quan ngang Bộ; cơ quan thuộc Chính phủ, tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
Về tổ chức, Quỹ Phát triển KH&CN là một tổ chức tài chính trực thuộc UBND tỉnh Vĩnh Phúc, có tư cách pháp nhân, con dấu, tài khoản và Điều lệ tổ chức hoạt động riêng, đã được UBND tỉnh phê duyệt. Về hệ thống quản lý, điều hành có Hội đồng Quản lý, Ban điều hành, Ban Kiểm soát và Hội đồng Thẩm định. Hội đồng Quản lý Quỹ hoạt động theo nhiệm kỳ 5 năm, do đ/c Phó Chủ tịch UBND tỉnh làm Chủ tịch, đ/c Giám đốc sở KH&CN làm Phó chủ tịch và các thành viên là các đ/c lãnh đạo các sở Kế hoạch và Đầu tư, Tài chính, Công thương, Nông Nghiệp và PTNT, KH&CN. Ban điều hành do đ/c Phó Giám đốc sở KH&CN làm giám đốc. Ngoài ra Quỹ còn có Ban Kiểm soát và Hội đồng thẩm định giúp việc cho Hội đồng quản lý. Sở KH&CN thực hiện chức năng giúp Uỷ ban nhân dân tỉnh quản lý Nhà nước về hoạt động chung của Quỹ, Sở Tài chính thực hiện chức năng giúp Uỷ ban nhân dân tỉnh quản lý Nhà nước về các hoạt động tài chính của Quỹ.
Về lĩnh vực hoạt động, Quỹ có Quy chế quản lý tài chính riêng được UBND tỉnh phê duyệt, trong đó quy định: Quỹ hoạt động vì mục đích bảo toàn vốn, được bù đắp chi phí và không vì mục đích lợi nhuận, nhằm hỗ trợ, thúc đẩy hoạt động nghiên cứu khoa học, ứng dụng công nghệ phục vụ phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh.
Về kinh phí, Quỹ có vốn điều lệ và vốn bổ sung. Vốn điều lệ được cấp ban đầu là 5.000.000.000đ (Năm tỷ đồng chẵn) từ nguồn ngân sách của tỉnh, vốn này được phân bổ đủ trong 3 năm liên tiếp kể từ năm 2008. Hàng năm Quỹ được cấp kinh phí bổ sung từ ngân sách của tỉnh để đảm bảo cho các hoạt động quản lý, hoạt động nghiệp vụ của Quỹ.
Ngoài ra Quỹ còn được huy động vốn từ các khoản đóng góp tự nguyện, tài trợ, hiến tặng của các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước để thực hiện các hoạt động của Quỹ.
Bước đầu Quỹ thực hiện cho vay không lãi suất đối với các dự án ứng dụng kết quả nghiên cứu KH&CN có ý nghĩa đối với việc phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh; gồm: Dự án ứng dụng công nghệ sinh học trong nông nghiệp như: Lai tạo giống cây, con mới; công nghệ nuôi cấy mô; quy trình công nghệ cho năng suất, thu nhập cao trên một đơn vị diện tích; công nghệ chăn nuôi sinh học an toàn dịch bệnh; công nghệ bảo quản nông sản sau thu hoạch Công nghệ xử lý ô nhiễm để bảo vệ môi trường. Công nghệ chế tạo vật liệu mới thay thế vật liệu truyền thống trong xây dựng. Công nghệ tiết kiệm năng lượng, nhiên liệu trong sản xuất và tiêu dùng. Công nghệ y học chữa bệnh và chăm sóc sức khoẻ cho nhân dân. Công nghệ thông tin và tin học. Quy trình công nghệ nâng cao năng lực, hiệu quả quản lý nhà nước và quản lý doanh nghiệp...
Ngoài ra Quỹ còn thực hiện cho vay với mức lãi suất thấp đối với các dự án chuyển giao công nghệ để đổi mới công nghệ, trong đó ưu tiên đối với các dự án đổi mới và sử dụng công nghệ cao, công nghệ sạch, công nghệ tạo ra các sản phẩm có sức cạnh tranh cao.
Phương thức cho vay của Quỹ là quyết định cho vay dựa trên ý kiến tập thể. Hội đồng quản lý sẽ xem xét quyết định số lượng, thời gian và lãi suất cho vay dựa trên báo cáo kiến nghị của Hội đồng thẩm định. Hội đồng thẩm định chấm điểm, đánh giá dự án thông qua hệ thống tiêu chí đã được Hội đồng quản lý quy định.
Thời hạn cho vay của một dự án ứng dụng KH&CN thông thường từ 12 đến 36 tháng.