Rất nhiều ý kiến đóng góp, đề xuất được các nhà khoa học, chuyên gia, doanh nghiệp đưa ra như: cần làm rõ vai trò của tổng tư lệnh trên mặt trận KH&CN và nắm toàn quyền quyết định trong một số vấn đề; tăng cường hợp tác giữa Bộ KH&CN với các Bộ, ngành có liên quan và các địa phương; chế độ đãi ngộ đặc biệt với nhân lực trình độ cao và Việt kiều; hỗ trợ doanh nghiệp xây dựng phòng thí nghiệm, tiếp cận với Quỹ phát triển KH&CN quốc gia và một số quỹ khác; nguyên tắc đồng tài trợ khi đầu tư cho các đề tài khoa học có tính ứng dụng cao;…
Phát biểu tại Hội nghị, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân cho rằng, những kết quả đã đạt được sau 7 năm thực hiện Đề án chứng tỏ sự chuyển biến rất quan trọng, đúng hướng và là tiền đề cho giai đoạn tiếp theo.
Phó Thủ tướng đề nghị thời gian tới cần sắp xếp lại hệ thống các đơn vị nghiên cứu, đào tạo nguồn nhân lực có chất lượng cao cho hợp lý, có chính sách phân loại cấu trúc các đơn vị nghiên cứu để tạo thành chuỗi nghiên cứu ứng dụng đồng bộ, thống nhất, trở thành nòng cốt của hệ thống đổi mới quốc gia.
Về cơ chế tài chính, theo Phó Thủ tướng cần tạo sự chuyển biến trong nhận thức về việc đầu tư cho KH&CN. Trong đó đảm bảo nguyên tắc quản lý đề tài, dự án trên cơ sở hiệu quả đầu ra thay vì đầu tư dàn trải như trước đây. Phải đánh giá được sản phẩm KH&CN tạo ra phục vụ phát triển KH&CN như thế nào, giá trị của sản phẩm so với kinh phí đầu tư.
Phó Thủ tướng cũng đưa ra các yếu tố cơ bản để tạo động lực cho KH&CN phát triển, gồm: tạo môi trường, cơ chế thuận lợi cho các nhà khoa học tâm huyết, say mê với hoạt động nghiên cứu khoa học bằng việc có chế độ đãi ngộ cao nếu các công trình, đề tài có hiệu quả, tính ứng dụng cao, giúp nhà khoa học sống được bằng nghề nghiên cứu; giao quyền tự chủ và kinh phí phù hợp cho các đơn vị cơ sở; phối hợp tạo ra hiệu ứng hệ thống trong KH&CN; khai thác tốt hơn tiềm năng hợp tác quốc tế. Dự kiến sẽ thành lập một Ban chỉ đạo hội nhập quốc tế về giáo dục và KH&CN, xây dựng đề án 5 năm, 10 năm về 2 lĩnh vực này.
Phó Thủ tướng giao Bộ KH&CN hoàn thiện các chương trình hoạt động KH&CN mà Chính phủ đã và sẽ triển khai, trong đó ưu tiên sự gắn kết giữa nghiên cứu và ứng dụng. Thời gian tới cần hình thành các chương trình nghiên cứu quốc gia về khoa học cơ bản và khoa học xã hội; đổi mới cơ chế đặt hàng và tăng cường công tác đặt hàng các sản phẩm khoa học, theo đó các tỉnh, thành phố, địa phương chủ động xác định nhu cầu của mình để đặt hàng các nhà khoa học, viện nghiên cứu.
Cùng với đó, Bộ KH&CN hoàn thiện Đề án, trình Thường trực Chính phủ trước ngày 15/1/2012, sau đó sẽ xây dựng các đề án thành phần.
Thay mặt Bộ KH&CN, Bộ trưởng Nguyễn Quân cảm ơn Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân, đại diện lãnh đạo các Bộ, ngành, quốc hội, Trung Ương, địa phương, các viện trường, nhà khoa học, chuyên gia, doanh nghiệp đã dành thời gian tham dự Hội nghị và đã có những đóng góp hữu ích để Bộ có thêm luận cứ khoa học và thực tiễn hoàn thiện Đề án. Đồng thời hy vọng, những khó khăn, vướng mắc, bất cập hiện tại sẽ được dần dần tháo gỡ, tạo điều kiện thuận lợi nhất cho giới khoa học hoạt động, đem lại những kết quả xứng đáng đóng góp cho sự phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.