Nội dung chính của Hội nghị là đánh giá sơ bộ quá trình thực hiện các chương trình Khoa học và Công nghệ trọng điểm cấp Nhà nước (KC). Đồng thời, Hội nghị cũng đưa ra mục tiêu và định hướng xây dựng các chương trình KC trong thời gian tới.
Qua gần 3 năm thực hiện, đến nay có 308 nhiệm vụ đã và đang được thực hiện trong 10 KC với tổng kinh phí phê duyệt từ ngân sách nhà nước là trên 910 tỷ đồng. Trong đó, những vấn đề liên quan đến nông nghiệp và nông thôn được chương trình KC quan tâm hàng đầu. Các nhiệm vụ liên quan trực tiếp đến công nghệ tạo giống, bảo quản chế biến nông sản, ngành nghề nông thôn góp phần thúc đẩy nền kinh tế ở nông thôn ngày càng phát triển. Tính đến tháng 9/2009, trong quá trình triển khai các đề tài, đã có 15 loại giống cây mới (trong đó có 4 giống lúa được công nhận là giống quốc gia), 102 công nghệ mới (trong đó 10 công nghệ đã hoàn thiện và chuyển giao cho sản xuất), 206 loại máy móc thiết bị được hoàn thiện và 67 mẫu máy mới được chế tạo. Đã có 16 tiến sỹ, 127 thạc sỹ được đào tạo thông qua những đề tài/dự án.
Theo đánh giá của Ban chủ nhiệm chương trình, phần lớn các sản phẩm của đề tài/ dự án được ứng dụng vào sản xuất và đạt được kết quả khả quan. Nhiều công nghệ tiên tiến của các nước trong khu vực đã được chúng ta nghiên cứu và làm chủ. Lần đầu tiên toàn bộ 10 chương trình KH&CN trọng điểm cấp Nhà nước tham gia vào Techmart Việt Nam, cụ thể là Techmart Việt Nam ASEAN +3 (9/2009). 23 hợp đồng và biên bản ghi nhớ đã được ký kết, trị giá gần 514 tỷ đồng, chiếm gần 1/3 tổng giá trị hợp đồng mua bán chuyển giao công nghệ thiết bị được ký kết tại Hội chợ.
Theo dự kiến, sau khi chương trình KC kết thúc (vào năm 2010) khoảng 400 công nghệ, 800 quy trình kỹ thuật mới được tạo ra, trong đó có 50 công nghệ và 400 quy trình kỹ thuật mới được hoàn thiện và chuyển giao cho sản xuất. Số máy móc, thiết bị mới được tạo ra khoảng 600 và 200 mẫu được hoàn thiện; cùng 50 giống cây trồng và vật nuôi mới .
Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện, Ban chủ nhiệm các chương trình KC cũng gặp phải một số khó khăn, đặc biệt là những khó khăn về nguồn nhân lực và cơ chế tài chính cho các đề tài/dự án.
Tổng kết Hội nghị, Thứ trưởng Lê Đình Tiến đã biểu dương những thành tích đã đạt được của chương trình, đồng thời yêu cầu các cơ quan thuộc Bộ KH&CN, Văn phòng các chương trình trọng điển cùng Ban chủ nhiệm các chương trình cần phối hợp chặt chẽ hơn nữa để đạt được kết quả cao hơn trong thời gian tới.