Tuy nhiên, hoạt động KH&CN trong 5 năm vừa qua của Bộ Giáo dục và Đào tạo vẫn chưa tương xứng với nhiệm vụ và tiềm năng, thể hiện ở chỗ: Hoạt động KH&CN của các viện, trung tâm nghiên cứu và doanh nghiệp trong các trường đại học hiệu quả chưa cao; cơ chế quản lý hoạt động KH&CN vẫn còn nhiều bất cập; các văn bản pháp quy hướng dẫn hoạt động KH&CN còn thiếu và chậm được ban hành, công tác xây dựng, triển khai kế hoạch KH&CN còn chậm; các nghiên cứu về khoa học giáo dục vẫn chưa theo kịp sự phát triển của ngành, các kết quả nghiên cứu đã được đưa vào ứng dụng phục vụ giáo dục - đào tạo, kinh tế - xã hội còn thấp, công tác đánh giá chất lượng và hiệu quả hoạt động KH&CN chưa được triển khai một cách có hệ thống, chưa xây dựng được các tiêu chí đánh giá, xếp loại các trường đại học về chất lượng KH&CN theo chuẩn quốc tế; kinh phí đầu tư cho hoạt động KH&CN còn thấp, cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ nghiên cứu khoa học còn bất cập…
Báo cáo tổng kết tại Hội nghị cũng chỉ ra nguyên nhân của các bất cập trên là: Đội ngũ quản lý, cán bộ nghiên cứu và giảng viên còn chưa nhận thức một cách đầy đủ, sâu sắc và đúng đắn về vai trò quan trọng của hoạt động nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ trong trường đại học, đặc biệt không ít cán bộ, giảng viên còn xem hoạt động KH&CN là công cụ để đạt học hàm, học vị…; công tác quản lý KH&CN vẫn nặng tính hành chính, thiếu sự gắn kết, tập hợp lực lượng trong nghiên cứu; việc gắn kết giữa nghiên cứu - triển khai còn yếu, các hoạt động rút kinh nghiệm việc tổ chức thực hiện các kế hoạch KH&CN chưa được triển khai thực hiện một cách đồng bộ…
Trong giai đoạn tới (2011-2015), hoạt động KH&CN của Bộ Giáo dục và Đào tạo tập trung quán triệt một cách sâu sắc, đầy đủ nội dung Nghị quyết 11 của Đảng về giáo dục và đào tạo, KH&CN, đặc biệt xác định trọng trách của các trường đại học đối với phát triển kinh tế - xã hội, an ninh - quốc phòng. Việc đầu tư cơ sở vật chất cho các nhà trường trong giai đoạn tới sẽ được thực hiện theo hướng đảm bảo thiết thực, hiệu quả. Đặc biệt, Bộ sẽ chú ý đến công tác tổ chức quản lý, tách bạch giữa quản lý nhà nước với công tác chuyên môn; đưa các hoạt động chuyên môn về cơ sở đào tạo và địa phương, tạo điều kiện tốt nhất cho các nhà khoa học, giảng viên trong các hoạt động chuyên môn và nghiên cứu khoa học…
