Năm 2012, Vụ XH&TN được giao là đơn vị đầu mối và đã hoàn thành một số Đề án thuộc chương trình công tác của Bộ và Chính phủ: Phát triển KH&CN phục vụ sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa trong điều kiện kinh tế thị trường định hướng XHCN và hội nhập Quốc tế; Chương trình hành động của Chính phủ thực hiện Nghị quyết 20/NQ-TW; Xây dựng Quy chế về Tổ chức các diễn đàn khoa học của trí thức khi tham gia các hoạt động tư vấn, phản biện và giám định các chủ trương, chính sách, các dự án phát triển kinh tế - xã hội.
Cũng trong năm 2012, Vụ XH&TN đã tham mưu cho Lãnh đạo Bộ, góp phần xây dựng các định hướng, kế hoạch hoạt động KH&CN trên các lĩnh vực như khoa học xã hội và nhân văn, nghiên cứu cơ bản định hướng ứng dụng, tài nguyên môi trường, thiên tai và phát triển bền vững, KH&CN biển.
Ngoài ra, Vụ XH&TN cũng phối hợp tốt với các đơn vị liên quan trong việc triển khai các hoạt động theo lĩnh vực chuyên môn quản lý, hoạt động KH&CN của các Bộ, ngành và địa phương. Công tác xây dựng, kiện toàn đội ngũ cán bộ cũng có nhiều đổi mới.
Trong năm 2013, Vụ XH&TN tiếp tục đảm nhận vai trò đơn vị đầu mối triển khai một số Đề án thuộc Chương trình công tác của Bộ và Chính phủ; xây dựng mới và kiện toàn hệ thống các văn bản quản lý đồng thời cũng chú trọng vào công tác quản lý hoạt động KH&CN của các Bộ, ngành được phân công quản lý.