Chức năng: Văn phòng Chương trình Nông thôn miền núi là đơn vị giúp Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ quản lý kinh phí của Chương trình Hỗ trợ ứng dụng, chuyển giao tiến bộ khoa học và công nghệ thức đẩy phát triển kinh tế - xã hội nông thôn, miền núi, vùng dân tộc thiểu số giai đoạn 2016-2025 (theo Quyết định số 1747/QĐ-TTg ngày 13/10/2015 của Thủ tướng Chính phủ)

Nhiệm vụ: Chủ trì, phối hợp với các đơn vị có liên quan quản lý kinh phí của Chương trình Nông thôn miền núi theo quy định của pháp luật; tổ chức các cuộc họp của Hội đồng tư vấn xác định nhiệm vụ, Hội đồng xét giao trực tiếp, Tổ thẩm định kinh phí các dự án; tổ chức kiểm tra định kỳ hoặc đột xuất tình hình triển khai thực hiện dự án; phối hợp tổ chức triển khai thực hiện các hoạt động thông tin tuyên truyền, đào tạo, tập huấn, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ và xây dựng tài liệu, dữ liệu của Chương trình theo nội dung đã được phê duyệt.