Hội đồng có nhiệm vụ đề xuất ý kiến với Thủ tướng trước khi Thủ tướng quyết định về phương hướng, chiến lược, quy hoạch phát triển KH&CN quốc gia; chính sách lớn thúc đẩy phát triển KH&CN quốc gia, các chương trình KH&CN cấp nhà nước, lĩnh vực và sản phẩm KH&CN trọng điểm quốc gia; những vấn đề KH&CN liên quan tới chương trình, dự án lớn về kinh tế - xã hội, quản lý, sử dụng tài nguyên thiên nhiên và bảo vệ môi trường, bảo đảm quốc phòng, an ninh…