Chính phủ nước Cộng hoà Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ nước Cộng hoà El Salvador nhận thấy rằng hợp tác KH&CN sẽ tăng cường các mối quan hệ hữu nghị và sự hiểu biết lẫn nhau giữa hai dân tộc và góp phần vào sự phát triển kinh tế và xã hội vì lợi ích của nhân dân hai nước. Đồng thời, hai Bên tin tưởng rằng sự hợp tác KH&CN là một phần quan trọng của quan hệ song phương và là một nhân tố của sự ổn định.
Do vậy, hai Bên đã thỏa thuận ký kết Hiệp định hợp tác với mục đích nhằm góp phần mở rộng và tăng cường các mối quan hệ giữa các cộng đồng KH&CN giữa hai nước bằng việc tạo ra các điều kiện thuận lợi cho sự phát triển hợp tác KH&CN trên cơ sở bình đẳng và cùng có lợi, phù hợp với luật pháp của mỗi nước và theo các điều khoản của Hiệp định này.
Theo đó, hai Bên sẽ thúc đẩy việc xây dựng và thực hiện các chương trình, dự án hoặc các hình thức hợp tác KH&CN khác thuộc nội dung của những Thoả thuận riêng biệt sẽ được thoả thuận qua đường ngoại giao giữa các tổ chức thành viên của hai nước. Mỗi Thoả thuận riêng biệt sẽ xác định kế hoạch làm việc, phương án thực hiện, phân định nguồn tài chính và các vấn đề bổ sung khác để thực hiện các hoạt động hợp tác trong khuôn khổ Hiệp định này.
Để đạt được các mục đích của Hiệp định này, các hoạt động hợp tác KH&CN giữa các Bên theo khuôn khổ của Hiệp định sẽ được thực hiện theo các hình thức sau: Trao đổi các đoàn chuyên gia và các nhà khoa học; Tổ chức các hội thảo, hội nghị và các cuộc gặp gỡ khoa học chung; Đào tạo và nâng cao trình độ các nhà khoa học và chuyên gia; Trao đổi thông tin KH&CN; Đào tạo và thực tập cho các nghiên cứu sinh; Các chương trình học bổng; Hỗ trợ cho phía El Salvador xây dựng khu công nghệ cao theo các kinh nghiệm tương tự của một số khu công nghệ cao tại Việt Nam; Cùng thực hiện các dự án, công trình nghiên cứu và các hình thức hợp tác khoa học và công nghệ khác do các Bên thoả thuận; Các hình thức hợp tác khác mà các Bên có thể thoả thuận.
Nhằm góp phần đạt được các mục tiêu và phối hợp hành động để thực hiện Hiệp định, các Bên sẽ thành lập một “Uỷ ban hỗn hợp về Hợp tác Khoa học và Công nghệ” với chức năng đề xuất các khuyến nghị về việc tạo những điều kiện thuận lợi nhất để tiến hành hợp tác KH&CN giữa hai nước; Xác định và đánh giá các lĩnh vực ưu tiên để thực hiện các chương trình dự án hợp tác KH&CN; Khuyến nghị về việc thực hiện các chương trình hợp tác KH&CN. Uỷ ban hỗn hợp, nếu thấy cần thiết, có thể lập ra các tổ công tác theo các đề tài riêng biệt về hợp tác KH&CN và mời các chuyên gia để nghiên cứu các vấn đề cụ thể và soạn thảo các khuyến nghị.