Toàn bộ 40 thủ tục hành chính về lĩnh vực sở hữu công nghiệp đã được công bố trong Bộ thủ tục hành chính thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ Khoa học và Công nghệ theo Đề án 30 của Chính phủ và các thủ tục hành chính có liên quan khác do Cục Sở hữu trí tuệ tiến hành đều được xây dựng thành các tài liệu theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2008 với sự giúp đỡ, hướng dẫn của cơ quan tư vấn là Trung tâm Hỗ trợ phát triển doanh nghiệp vừa và nhỏ 2 (SMEDEC 2).
Sau khi tiến hành việc đánh giá nội bộ lần 1 vào tháng 9/2012 và thực hiện các hành động khắc phục, bộ tài liệu ISO của Cục Sở hữu trí tuệ đã được hoàn chỉnh, chính thức được phê duyệt và đưa vào áp dụng từ ngày 10/10/2012. Tiếp đó, vào tháng 11/2012 Cục Sở hữu trí tuệ đã tiến hành việc đánh giá nội bộ lần 2 và tiếp tục thực hiện các hành động khắc phục sau đánh giá để hoàn thiện bộ Hồ sơ đăng ký đánh giá chứng nhận.
Việc đánh giá chứng nhận đã được Trung tâm chứng nhận phù hợp - QUACERT tiến hành trong tháng 1/2013 để kiểm tra, đánh giá lại toàn bộ quá trình xây dựng và áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2008 tại Cục Sở hữu trí tuệ.
Ngày 30/01/2013, Cục Sở hữu trí tuệ nộp Hồ sơ đăng ký đề nghị cấp Giấy chứng nhận cho Tổng Cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng - Cơ quan được Bộ Khoa học và Công nghệ ủy quyền cấp Giấy chứng nhận ISO và ngày 24/4/2013 Giấy chứng nhận số 0475/2013 đã được cấp cho Hệ thống quản lý chất lượng của Cục trong hoạt động “Tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ thực hiện chức năng quản lý nhà nước và giải quyết các thủ tục hành chính về sở hữu trí tuệ”.