Cho đến nay, Bộ KH&CN đã cấp Giấy chứng nhận cho 1220 tổ chức KH&CN, trong đó hơn 50% là các tổ chức ngoài công lập. Các tổ chức KH&CN ngoài công lập được thành lập và hoạt động theo cơ chế tự chủ, tự quản và tự trang trải về tài chính. Mỗi tổ chức thường có từ 5-10 nhân lực chính nhiệm, thậm chí có tổ chức chỉ có 2-3 chính nhiệm, khi ký kết được các hợp đồng hoặc nhận các dự án, tổ chức sẽ huy động đội ngũ cán bộ kiêm nhiệm, cộng tác viên làm việc tại các viện, trường đại học hoặc các nhà khoa học đã nghỉ hưu.
Các tổ chức KH&CN được kiểm tra đợt này hoạt động chủ yếu trong lĩnh vực khoa học xã hội, nông nghiệp, xây dựng và y tế công cộng. Khi đến kiểm tra các đơn vị, Đoàn đã nghe lãnh đạo tổ chức KH&CN báo cáo tình hình hoạt động, những kết quả đã đạt được cũng như kiến nghị, đề xuất đối với Liên hiệp Hội và với các cơ quan quản lý Nhà nước. Nhìn chung, các tổ chức hoạt động theo đúng lĩnh vực KH&CN đã đăng ký. Đặc biệt, một số tổ chức đã khai thác được nguồn kinh phí từ các tổ chức quốc tế để triển khai các dự án hỗ trợ kỹ thuật phục vụ phát triển nông nghiệp, nông thôn. Qua thực tế triển khai các nghiên cứu, Trung tâm Bảo tồn và Phát triển tài nguyên nước đã có một số ý kiến đóng góp và được cơ quan Nhà nước tiếp thu trong việc xây dựng chính sách, văn bản pháp quy, cụ thể là Luật Tài nguyên nước năm 2012.
Mặc dù ảnh hưởng của khủng hoảng kinh tế, song một số tổ chức đã có những nỗ lực rất đáng kể để hoạt động vẫn đạt hiệu quả, doanh thu hàng năm đạt từ 5-7 tỷ đồng. Điều đáng nói ở đây là trong số các tổ chức hoạt động tốt, có tổ chức đã tuyển dụng hàng chục sinh viên mới ra trường, góp phần giải quyết việc làm và đào tạo nâng cao trình độ cho đội ngũ nhân lực trẻ. Tuy nhiên, một số tổ chức thuộc lĩnh vực kinh tế, xây dựng lại rất khó khăn, chủ yếu chỉ hoạt động cầm chừng.
Qua kiểm tra, Đoàn nhận thấy còn có tổ chức chưa thực hiện đúng các quy định như: chưa đăng ký lại khi thay đổi địa chỉ trụ sở chính, chưa treo biển hiệu tổ chức hoặc treo biển nhưng chưa chính xác theo quy định, chưa đăng ký bổ sung thông tin người đứng đầu,… trên Giấy chứng nhận theo quy định hiện hành.
Đoàn Kiểm tra đã ghi nhận những nỗ lực chung của các tổ chức. Đồng thời, lưu ý các tổ chức phải theo dõi, cập nhật những văn bản pháp lý có liên quan để thực hiện theo đúng những quy định pháp luật hiện hành; kịp thời đăng ký thay đổi, bổ sung khi có những nội dung thay đổi trong Giấy chứng nhận đã được cấp. Các tổ chức đều thống nhất với những ý kiến của Đoàn kiểm tra và cam kết nghiêm túc thực hiện.