Cục Năng lượng nguyên tử được thành lập vào tháng 2 năm 2010 và có nhiệm vụ tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ KH&CN thực hiện chức năng quản lý nhà nước về nghiên cứu, ứng dụng và phát triển năng lượng nguyên tử. Trong thời gian rất ngắn là 2 tháng, Cục Năng lượng nguyên tử đã khẩn trương xây dựng các hoạt động quản lý theo chức năng thành các tài liệu theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001-2008 cùng với sự giúp đỡ, hướng dẫn của cơ quan tư vấn là Trung tâm Năng suất Việt Nam (VPC).
Qua quá trình xây dựng và hoàn thiện dự thảo các văn bản quản lý chất lượng, ngày 15/5/2013 toàn bộ hệ thống văn bản quản lý chất lượng ISO của Cục Cục Năng lượng nguyên tử đã chính thức được phê duyệt và áp dụng tại các đơn vị thuộc Cục.
Tiếp đó, ngày 14/6/2013, Cục Năng lượng nguyên tử đã tiến hành đánh giá nội bộ lần thứ nhất với kết quả là không phát hiện ra điểm không phù hợp và chỉ có một số điểm khuyến nghị. Cục Năng lượng nguyên tử đã tiếp tục thực hiện các hành động khắc phục theo khuyến nghị sau đánh giá để hoàn thiện bộ Hồ sơ đăng ký đánh giá chứng nhận.
Việc đánh giá chứng nhận đã được Trung tâm chứng nhận phù hợp (QUACERT) tiến hành trong ngày 18/6/2013 để kiểm tra, đánh giá lại toàn bộ quá trình xây dựng và áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001:2008 tại Cục Năng lượng nguyên tử.
Ngày 24/6/2013, Cục Năng lượng nguyên tử nộp Hồ sơ đăng ký đề nghị cấp Giấy chứng nhận cho Tổng Cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng - cơ quan được Bộ KH&CN ủy quyền cấp Giấy chứng nhận ISO. Ngày 19/7/2013, Giấy chứng nhận số 0929/2013 đã được cấp cho Hệ thống quản lý chất lượng của Cục Năng lượng nguyên tử trong hoạt động “Tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ KH&CN thực hiện chức năng quản lý nhà nước về nghiên cứu, ứng dụng và phát triển năng lượng nguyên tử”.