Mặc dù đã đạt được nhiều thành tựu về ứng dụng KH&CN nhưng theo đánh giá của nhiều đại biểu tham dự Hội nghị, vai trò của KH&CN với phát triển kinh tế xã hội Vùng ĐBSH còn hạn chế, KH&CN chưa thực sự được coi là động lực then chốt. Các đại biểu kiến nghị, cần thúc đẩy liên kết 3 nhà (nhà nước, doanh nghiệp, nhà khoa học); đẩy mạnh nghiên cứu ứng dụng ở các địa phương, gắn hoạt động nghiên cứu, chuyển giao công nghệ với kế hoạch phát triển kinh tế- xã hội của địa phương; có chính sách hỗ trợ trong việc đào tạo và sử dụng nguồn nhân lực; tạo điều kiện để doanh nghiệp tham gia nghiên cứu, phát triển công nghệ;...
Phát biểu tại Hội nghị, Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân đã chỉ đạo 4 vấn đề lớn cần tập trung giải quyết:
Thứ nhất, các Bộ, ngành kết hợp với UBND cấp tỉnh quy hoạch, xác định sản phẩm KH&CN chủ lực của Vùng và mỗi địa phương. Trên cơ sở đó tập trung xây dựng và triển khai các nhiệm vụ KH&CN như vấn đề giống, chuyển giao công nghệ, xây dựng thương hiệu, bảo quản, chế biến, tiêu thụ sản phẩm. Phó Thủ tướng yêu cầu thời gian tới, Bộ KH&CN chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công thương tổ chức hội thảo chuyên đề bàn về việc các doanh nghiệp tham gia vào chuỗi hoạt động nghiên cứu, sản xuất, tiêu thụ sản phẩm như thế nào để các sản phẩm chủ lực có chỗ đứng vững chắc trên thị trường và đem lại nhiều lợi ích nhất cho người sản xuất. Trước hết, nên thực hiện với lĩnh vực nông nghiệp.
Thứ hai, vấn đề xác định cơ chế xây dựng và giao nhiệm vụ KH&CN phục vụ phát triển kinh tế ở các ngành, địa phương. Người đứng đầu các ngành, Chủ tịch UBND tỉnh có trách nhiệm xác định các nhiệm vụ KH&CN của ngành đó trên cơ sở nhu cầu của ngành, địa phương, đề xuất của giới khoa học. Việc xác định nhiệm vụ nghiên cứu phục vụ khoa học liên ngành do Bộ KH&CN xây dựng và tổ chức triển khai. Cần chủ động triển khai việc giao nhiệm vụ KH&CN thông qua cơ chế đặt hàng dựa trên yêu cầu thực tiễn của Vùng và các địa phương.
Thứ ba, cần quy hoạch lại hệ thống các cơ quan nghiên cứu khoa học. Đồng thời khuyến khích các trường đại học thành lập các trung tâm nghiên cứu để tập trung nghiên cứu và đưa sản phẩm nghiên cứu đến với cuộc sống. Trường đại học, ngoài cán bộ giảng dạy có thể bổ sung số biên chế nghiên cứu để tăng năng lực KH&CN. Cần tạo điều kiện và có chính sách ưu đãi đối với nhà nghiên cứu xuất sắc, đầu đàn.
Thứ tư, kết nối cung cầu và tiêu thụ các sản phẩm KH&CN. Yêu cầu Bộ KH&CN rà soát, bổ sung các phương thức kết nối cung - cầu công nghệ, trước mắt là của vùng ĐBSH. UBND Thành phố Hà Nội hoàn thành đề án xây dựng cơ sở dữ liệu điện tử cung cấp thông tin về các giải pháp KH&CN, các sản phẩm KH&CN sẵn sàng chuyển giao (trong quý 4/2012). Trong đó, dành một mục để các nhà khoa học và bên có nhu cầu đặt hàng công nghệ trao đổi thông tin, hợp tác nghiên cứu ứng dụng.