Theo quy định tại Nghị định, Bộ Khoa học và Công nghệ là cơ quan tổ chức lập quy hoạch phát triển, ứng dụng năng lượng nguyên tử (sau đây gọi tắt là quy hoạch). Bộ Y tế tổ chức lập hợp phần quy hoạch trong ngành y tế; Bộ Tài nguyên và Môi trường tổ chức lập hợp phần quy hoạch trong ngành tài nguyên và môi trường; Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổ chức lập hợp phần quy hoạch trong ngành nông nghiệp; Bộ Công Thương tổ chức lập hợp phần quy hoạch trong ngành công nghiệp. Các Bộ, cơ quan ngang Bộ, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh và tổ chức có liên quan tổ chức lập hợp phần quy hoạch khác theo quyết định của Thủ tướng Chính phủ.
Triển khai thực hiện Nghị định số 41/2019/NĐ-CP, Bộ Khoa học và Công nghệ hiện đang chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành, cơ quan liên quan tổ chức lập Quy hoạch phát triển, ứng dụng năng lượng nguyên tử đến năm 2030, tầm nhìn dự kiến đến năm 2050. Theo đó, việc lập quy hoạch phát triển, ứng dụng năng lượng nguyên tử bao gồm 02 giai đoạn: (1) Lập nhiệm vụ lập quy hoạch trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt và (2) Tổ chức lập quy hoạch theo nhiệm vụ đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Cục Năng lượng nguyên tử đã trình Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ xem xét ban hành Kế hoạch tổ chức thực hiện quy hoạch, trong đó giao Cục Năng lượng nguyên tử là cơ quan đầu mối tham mưu, giúp Bộ trưởng phối hợp với các Bộ, ngành, địa phương tổ chức thực hiện quy hoạch.
Theo quy định tại Điều 9 của Nghị định số 41/2019/NĐ-CP, báo cáo nhiệm vụ lập quy hoạch trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt bao gồm các nội dung: Xác định căn cứ lập quy hoạch, phạm vi, thời kỳ quy hoạch; Xác định quan điểm, mục tiêu, nguyên tắc lập quy hoạch; Rà soát, đánh giá tổng quan quy hoạch thời kỳ trước và triển vọng, nhu cầu phát triển trong thời kỳ quy hoạch; Nội dung chính của quy hoạch và các hợp phần quy hoạch; Phương pháp lập quy hoạch; quy trình tích hợp quy hoạch; Thành phần, số lượng và tiêu chuẩn, quy cách sản phẩm quy hoạch; Thời hạn lập quy hoạch, kế hoạch, tiến độ, chi phí lập quy hoạch và các hợp phần quy hoạch; Phân công trách nhiệm cho các cơ quan liên quan trong việc tổ chức lập quy hoạch.
Sự ra đời của Nghị định số 41/2019/NĐ-CP đã cơ bản hoàn thiện hành lang pháp lý cho công tác quản lý nhà nước đối với hoạt động quy hoạch phát triển ứng dụng năng lượng nguyên tử. Quy hoạch sẽ là công cụ quản lý quan trọng, tạo cơ sở cho sự phát triển nghiên cứu, ứng dụng khoa học và công nghệ hạt nhân có đóng góp trực tiếp và hiệu quả trên các lĩnh vực y tế, nông nghiệp, tài nguyên và môi trường, công nghiệp và các ngành kinh tế - kỹ thuật khác, đồng thời là cơ sở để triển khai các nhiệm vụ và giải pháp về phát triển cơ sở hạ tầng hạt nhân, đẩy mạnh hợp tác quốc tế và đảm bảo an toàn, an ninh trong lĩnh vực năng lượng nguyên tử.
Bộ Khoa học và Công nghệ đã giao Cục Năng lượng nguyên tử là cơ quan đầu mối tham mưu, giúp Bộ trưởng trong việc chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành địa phương liên quan chuẩn bị cho công tác tổng kết, đánh giá kết quả 15 năm thực hiện Chiến lược ứng dụng năng lượng nguyên tử vì mục đích hòa bình đến năm 2020, Quy hoạch tổng thể và các quy hoạch chi tiết để làm căn cứ xây dựng Quy hoạch phát triển, ứng dụng năng lượng nguyên tử đến năm 2030, tầm nhìn dự kiến đến năm 2050. Việc đánh giá tình hình và kết quả thực hiện các quy hoạch thời kỳ trước có ý nghĩa quan trọng giúp đánh giá mức độ đạt được so với các mục tiêu đã đặt ra, xác định các yếu tố, nguyên nhân ảnh hưởng đến tình hình và kết quả thực hiện quy hoạch, là căn cứ để nghiên cứu đề xuất nội dung, phạm vi quy hoạch cũng như các giải pháp thực hiện và nâng cao hiệu quả hoạt động quy hoạch trong kỳ quy hoạch tiếp theo.